Povijest Državne medicinske akademije Khanty-Mansiysk počinje 1994. godine, kada je dekretom načelnika uprave autonomnog okruga Khanty-Mansiysk A.V. Filipenka u Hanti-Mansijsku, Okružno medicinsko učilište osnovano je na Tjumenskom državnom medicinskom institutu za osposobljavanje stručnjaka za zdravstveni sustav autonomnog okruga koji se brzo razvija. Godine 1999., na temelju koledža, naredbom guvernera Okruga, stvoren je Hanti-Mansijski državni medicinski institut. Institut je 2001. godine dobio dozvolu Ministarstva obrazovanja Ruske Federacije za pravo obavljanja obrazovnih aktivnosti u području visokog stručnog obrazovanja u specijalnosti 040100 - Opća medicina i dodatno obrazovanje.
Godine 2004. Federalna služba za nadzor u obrazovanju i znanosti Ruske Federacije, na temelju rezultata sveobuhvatne procjene aktivnosti sveučilišta, priznala je Državni medicinski institut Khanty-Mansiysk da je prošao državnu akreditaciju u specijalnosti visokog obrazovanja. stručne spreme 040100 – Opća medicina. Otvoreni su poslijediplomski studiji iz specijalnosti znanstvenika 14.00.05 - Interne bolesti, 14.00.27 - Kirurgija, pripravnički staž i klinički staž iz kirurgije, terapije, opstetricije i ginekologije. Uspješnim su ocijenjene aktivnosti sveučilišta na području izobrazbe medicinskog osoblja, istraživačkog i dijagnostičko-liječeničkog rada.

Godine 2005. institut je reorganiziran spajanjem najstarije obrazovne ustanove autonomne pokrajine - medicinske škole. Medicinska škola otvorena je 1934. godine odlukom Narodnog komesarijata za zdravstvo RSFSR-a u gradu Ostyako-Vogulsk (sada Khanty-Mansiysk) kao bolničarska i akušerska škola za obuku medicinskog osoblja iz redova autohtonih naroda sjevera. (Hanti, Mansi, Komi, Selkup). U vrijeme pripajanja zavodu škola je školovala bolničare, medicinske sestre, primalje i laborante.

U listopadu 2009. godine Agencija za javnu kontrolu kvalitete obrazovanja i razvoja karijere (AKKORK) na Državnom medicinskom institutu Khanty-Mansiysk provela je ispitivanje glavnih obrazovnih programa koje provodi institut, programa dodatnog stručnog obrazovanja, kao kao i uvjete za njihovu provedbu, uključujući ocjenu rezultata nastavno-metodološkog i istraživačkog rada. Rezultati ispitivanja pokazali su da je institut, tijekom 5 godina koliko je prošlo od sveobuhvatne procjene aktivnosti sveučilišta 2004. godine, postigao značajan napredak, značajno premašivši granične vrijednosti pokazatelja državne akreditacije akademije. Glavni pokazatelj rada svake obrazovne ustanove je kvaliteta obuke stručnjaka. Rezultati računalnog testiranja studenata Medicinskog fakulteta u glavnom obrazovnom programu 060101.65 – Opća medicina u 5 disciplina pokazali su pokazatelje iznad praga, što ukazuje da je kvaliteta obrazovnog procesa danas dostatna. Istraživačkim radom na institutu bavi se 19% studenata Medicinskog fakulteta. Institut je postigao značajne uspjehe u istraživačkom radu, što je uvelike zahvaljujući politici Vlade Hanti-Mansijskog autonomnog okruga, koja ima za cilj jačanje materijalne baze sveučilišta smještenih u okrugu i dodjelu financijskih sredstava kroz konkurentne sustav regionalnih stipendija za znanstvena istraživanja, poticanje izobrazbe znanstvenog i pedagoškog kadra, pisanje i objavljivanje monografija. To je omogućilo značajno intenziviranje i povećanje učinkovitosti znanstvenog rada u Institutu. Znanstvenoistraživački rad na Akademiji provodi se u okviru 3 grane znanosti: medicinske, biološke, društvene i humanitarne. Na temelju rezultata znanstvenog istraživanja u proteklih 5 godina obranjeno je 6 doktorskih i 15 kandidatskih disertacija, dobiveno je 18 potpora, dobiveno je 8 patenata za izume i objavljeno 18 monografija. Tako je u proteklom razdoblju na 100 znanstvenih i znanstveno-pedagoških djelatnika Institut u prosjeku godišnje obranio 6,2 kandidatske i doktorske disertacije, a na 100 stalno zaposlenih nastavnika s akademskim stupnjevima i zvanjima izrađeno je i objavljeno 7,5 monografija. Učinkovitost poslijediplomskog studija, otvorenog 2004. godine, bila je 100%, što znači da poslijediplomski studenti obrane svoje disertacije najkasnije 1 godinu nakon završetka poslijediplomskog studija. Udio visokokvalificiranih stručnjaka s akademskim stupnjevima i nazivima u nastavnom osoblju uključenom u provedbu programa visokog stručnog obrazovanja bio je 69%, uključujući 17,9% - doktora znanosti i profesora, broj zaposlenika ima počasne nazive "Počasni radnik" znanost i obrazovanje Ruske Federacije", "Počasni doktor Ruske Federacije", "Počasni izumitelj Ruske Federacije". 86,7% nastavnika radi na institutu s punim radnim vremenom, s pragom od 50,0%. Materijalna baza sveučilišta značajno je ojačana - 2008. godine puštena je u rad nova akademska zgrada ukupne površine od oko 8.000 četvornih metara, nabavljena je suvremena laboratorijska i nastavna oprema, obrazovna, metodološka i znanstvena literatura.
U prosincu 2009., na temelju rezultata ispitivanja obrazovnih programa koje provodi institut, kvalitete obuke diplomanata od strane Federalne službe za nadzor u obrazovanju i znanosti, institut je akreditiran kao državna obrazovna ustanova visokog stručnog obrazovanja s osnivanje tipa „akademija“, a u veljači 2010. godine priznat joj je položeni ispit uvjeta za izvođenje odgojno-obrazovnog procesa s izdavanjem dopusnice za pravo obavljanja odgojno-obrazovne djelatnosti prije 1. siječnja 2015. godine, s utvrđivanje maksimalnog broja studenata za redovno obrazovanje od 1016 osoba.

Trenutno je Državna obrazovna ustanova visokog stručnog obrazovanja Khanty-Mansiysk Autonomous Okrug - Ugra "Khanty-Mansiysk State Medical Academy" regionalno sveučilište, čiji je osnivač Hanty-Mansiysk Autonomous Okrug - Ugra, ovlasti osnivača obavlja Odjel za obrazovanje i znanost Autonomnog okruga.

Struktura akademije ima tri fakulteta: medicinski, srednje medicinsko strukovno obrazovanje, poslijediplomsko obrazovanje, ujedinjujući 31 odjela koji pružaju obuku specijalista u programima visokog stručnog obrazovanja: 060101.65 - Opća medicina; srednja stručna 060101.52 - Opća medicina, 060102.51 - Porodništvo, 060109.51 - Sestrinstvo, 060110.51 - Laboratorijska dijagnostika; programi stažiranja i boravka u specijalnostima "opstetricija i ginekologija", "terapija", "kirurgija", "onkologija", profesionalna prekvalifikacija i usavršavanje specijalista s višom i srednjom medicinskom naobrazbom u profilu glavnih obrazovnih programa sveučilišta . U diplomskom studiju Akademije obrazuju se znanstveni i pedagoški kadrovi iz sljedećih specijalnosti: 03.01.04. Biokemija, 03.03.01. Fiziologija, 03.03.04. Stanična biologija, citologija, histologija, 14.01. 04 Interne bolesti, 14.01.12. Onkologija, 14.01.17. Kirurgija.

Danas Akademija ima 2 obrazovne zgrade u kojima se nalaze odjeli medicinsko-bioloških, prirodno-znanstvenih, društveno-humanitarnih profila, obrazovni i znanstveni laboratoriji, računalne učionice, kantina i teretana. Klinički odjeli nalaze se u modernim ustanovama za liječenje i preventivu u gradu Khanty-Mansiysk, opremljeni najnovijom visokotehnološkom opremom za liječenje i dijagnostiku: Okružna klinička bolnica, Okružna klinička bolnica za rehabilitacijsko liječenje, Okružni specijalizirani dispanzeri. Općenito, obrazovni proces organiziran je u zgradama i prostorima s površinom većom od 13 tisuća četvornih metara, koji uključuju 15 predavaonica, 56 učionica za praktičnu i laboratorijsku nastavu, knjižnicu s ukupnim fondom većim od 40 tisuća kopije, te teretana. Ukupan broj računala koja se koriste u obrazovnom procesu je 395, uključujući 4 informatička razreda sa 60 osobnih računala povezanih u lokalnu mrežu, 105 radnih stanica ima pristup Internetu.

Akademija ima više od 700 studenata, od kojih su većina stanovnici autonomnog okruga. Zabilježen je porast studenata koji dolaze studirati iz drugih regija Rusije, prvenstveno iz gradova i naselja u Uralskom i Sibirskom federalnom okrugu. Konkurs za upis na sveučilište na temelju rezultata prijemnih ispita u zadnjih 5 godina iznosio je u prosjeku više od 4 osobe za medicinski fakultet, odnosno više od 2 osobe po mjestu za fakultet srednjeg medicinskog strukovnog obrazovanja. Studenti Sveučilišta aktivno stječu stručna znanja, sudjeluju u znanstveno-istraživačkom radu, izlažu znanstvena izvješća na nacionalnim i regionalnim međusveučilišnim znanstvenim skupovima te objavljuju rezultate svoga rada u zbornicima i znanstvenoj periodici.
Danas je Državna medicinska akademija Khanty-Mansiysk mlado regionalno sveučilište koje se aktivno razvija i pruža visokokvalitetnu obuku stručnjaka u nizu višeg, srednjeg i poslijediplomskog stručnog medicinskog obrazovanja za zdravstvo Autonomnog okruga. Glavni pokazatelj učinkovitosti akademije i njezin ponos su njezini diplomanti, od kojih velika većina uspješno radi u svojoj specijalnosti u medicinskim ustanovama Hanti-Mansijskog autonomnog okruga - Ugre.

Značajna značajka ove ocjene je značajna gustoća rezultata i visoka prosječna ocjena jedinstvenog državnog ispita s kojom su studenti primljeni na medicinska sveučilišta. Dovoljno je reći da više od 35 sveučilišta ima ocjenu Jedinstvenog državnog ispita iznad 70, što omogućuje pretpostavku barem ozbiljnog konkurentskog odabira i popularnosti ovih obrazovnih institucija među pristupnicima.

Što se same ocjene tiče, predvodi je Voronješka državna medicinska akademija nazvana po 82,5 s prosječnom ocjenom Jedinstvenog državnog ispita od 82,5. N.N. Burdenko. Za njom nije zaostajalo Državno medicinsko sveučilište Sankt Peterburg. Akademik I.P. Pavlova (81,6) i Kuban State Medical University (81,4), koji su zauzeli drugo i treće mjesto. Prvih deset također predstavlja još 5 regionalnih i 2 sveučilišta glavnog grada.