После закрытия в храме располагалось жилье. В 1965 г. М.Л.Богоявленский записывал: «Церковь имеет облезлый, грязный вид. Штукатурка местами отвалилась, некоторые кирпичи выскочили, а в алтаре пробита дверь. Кресты сломаны, вместо них приделаны телеантенны. Внутри жилые квартиры. Колокольня в 1960-е гг. реставрировалась». Реставрация самого храма началась в 1976 г. К 1983 г. было почти полностью восстановлено покрытие с кокошниками и пять главок. Вновь сделаны наличники XVII в. Внутри работала Лаборатория термомеханической обработки (!) Института стали и сплавов. В 1960 - 1980-х гг. в колокольне размещался трест подводно-технических и строительных работ «Союзподводгазстрой».

К 1990 г. на церкви восстановлены главы без крестов. К Пасхе 2004 года внешнее убранство храма - кресты, главы и барабаны и кровля трапезной были отреставрированы, весь храм изнутри отштукатурен и побелен, положены новые каменные полы. Были изготовлены новый временный однорядный иконостас главного алтаря и престол с жертвенником. 11 апреля 2004 года в Праздник Светлого Христова Воскресения была отслужена первая Божественная Литургия. С этого дня в храме совершаются всенощные богослужения под воскресные дни и Великие праздники и Литургия в самый день Праздника.

Церковь "Взыскание Погибших" иконы Божией Матери в Средних Садовниках
Москва, Софийская набережная, 32,

во втором ярусе шатровой колокольни при церкви св. Софии Премудрости Божией.
Год постройки: Между 1862 и 1868.
Архитектор: Н.И.Козловский
Архитектурные стили: Эклектика, Псевдорусский стиль
Престолы: "Взыскание погибших" иконы Божией Матери
Надвратный храм в честь иконы Божией Матери "Взыскание погибших" во втором ярусе шатровой колокольни при церкви св. Софии Премудрости Божией. Колокольня 1862-68 гг. - архитектор Н.И.Козловский.
Храм Софии Премудрости Божией известен с 1495 г. Существующее здание построено в 1682 г.

В 1862-68 гг. при храме была построена новая, отдельно стоящая колокольня с церковью Взыскания Погибших во втором ярусе, полностью заслонившая с набережной сам храм. Колокольня спроектирована с учетом градостроительного значения в ансамбле. Построена она в формах, стилизованных под древнерусские, но с приместью "мавританско- романских" мотивов. Ее массивный и высокий объем с шатровым верхом, выполненный в "русско- византийском стиле", не связан по масштабу с храмом; как уже сказано, колокольня играет роль объединяющей вертикали на набережной и перекликается с вертикалями Кремля.
Храмы были закрыты около 1930 г.
Колокольня была отреставрирована в 1960-е гг. В 1960-80-х гг. в колокольне размещался трест подводно- технических и строительных работ "Союзподводгазстрой".
Храм возвращен Православной Церкви в мае 1994 г. Престол надвратной церкви освящен в 1995 г. иерейским чином. Богослужения совершаются в надвратном храме.

Храм Софии Премудрости Божией находится на правом южном берегу Москвы-реки напротив исторического центра Москвы - Кремля, в местности, заключенной между основным руслом Москвы-реки и ее прежним руслом, или старицей, превратившейся со временем в цепь небольших водоемов и болотец, получивших общее название "Болота". Этот уникальный храм возвели москвичи в честь своей победы над Новгородом. Первая деревянная церковь, основанная в конце XV века, по мнению ученых, находилась чуть дальше от того места, где сейчас стоит каменный Софийский храм, – ближе к Дому на Набережной.
Bпервые деревянная церковь упоминается в летописи в 1493 году. Тогда древнее Замоскворечье еще именовалось Заречьем, где проходила дорога в Орду. Тем не менее, страшный пожар 1493 года, выкосивший посад (территорию у восточной стены Кремля), достиг и Заречья. Пожар уничтожил и Софийский храм.
B связи с указом Ивана III 1496 г. о сносе всех церквей и дворов напротив Кремля: «Того же лета рекою Москвою против города и повеле на техместех чинити сад», в Заречье запрещено было селиться напротив Кремля и строить на набережной жилые дома. А на освободившемся от жилья пространстве требовалось устроить что-то особенное. И зареченскую территорию отдали под новый Государев Сад, именованный Царицыным Лугом, будущие Садовники, который был разбит уже в 1495 году.
Oколо Государева Сада возникло слободское поселение государевых садовников, ухаживавших за Садом. Они-то и дали позднейшее название местности. Только в XVII веке садовники обосновались на непосредственно территории самого сада и в 1682 году выстроили новую каменную Софийскую церковь.Hезадолго до того в старом храме проповедовал сам протопоп Аввакум, и "прихожан учением своим отлучил многих". Вследствие этого "запустошения церквей" его сослали из Москвы.
B пожар 1812 г. Софийская церковь пострадала незначительно. В ведомости о состоянии московских храмов после нашествия неприятеля было сказано, что на Софийской церкви «крыша от пожара в некоторых местах обвалилась, иконостасы и в них святые иконы целы, в настоящей (в главной церкви) престол и одежда целы, антиминс же похищен. В приделе престол и антиминс цел, а срачицы и одежды нет. … Книги для священнослужения находятся в целости, но некоторые из них частью изорваны».
Уже 11 декабря 1812 года, меньше, чем через 2 месяца после изгнания французов, был освящен Андреевский придел храма. В этом приделе, как и во всех действующих храмах Москвы, 15 декабря 1812 г. прошел благодарственный молебен за победы, одержанные над войском «двунадесяти язык».
После устройства в 1830-х гг. каменной набережной, именно по имени находившейся здесь храма Софии, она была названа Софийской.
В марте 1862 г. протоиерей А. Нечаев и церковный староста С. Г. Котов обратились к Московскому митрополиту Филарету с просьбой о строительстве новой колокольни, так как прежняя была уже довольно ветха.
Новую колокольню просили выстроить по линии Софийской набережной с проездными воротами с двухэтажными флигелями, в одном из которых должна была разместиться церковь в честь иконы Божьей Матери «Взыскание погибших». Потребность в строительстве также мотивировалась необходимостью продолжения богослужения в случае затопления основного храма в весеннее время водой.
Строительство колокольни продолжалось шесть лет, и было окончено в 1868 г. колокольня Софийской церкви стала первым высотным сооружением, построенным в центре Москвы после окончания внешних строительных работ по храму Христа Спасителя, завершенных в 1859 г.
Строительство колокольни было лишь частью плана, автором которого были протоиерей Александр Нечаев и архитектор Козловский. Также было задумано грандиозное строительство основного здания храма, соответствующего по масштабам и архитектурному облику зданию колокольни. В случае осуществления этого проекта Софийский ансамбль, несомненно, стал бы важнейшим архитектурным ансамблем Замоскворечья.В основе замысла ансамбля Софийской колокольни и Софийского храма лежал определенный круг идей, связанный с храмом Христа Спасителя. Как и храм Христа, Софийский храм предполагалось выстроить в византийском стиле. Само выражение «византийский» подчеркивало исторические православные корни Российского государства. «Возведение в центре Москвы соразмерного с храмом Христа Спасителя и Кремлевскими соборами, храма Софии Премудрости Божией, соименного главному храму Византийской империи, получало весьма актуальное звучание. Оно отсылало к известной концепции «Москва – третий Рим», напоминая о вековечности православия и извечных целях русского государства, об освобождении Греции и порабощенных Турцией славянских народов, а также главной Православной святыни – храма Софии Константинопольской».
Москва осознавала себя не только преемницей Рима и Византии, но и мировым оплотом Православной Церкви, что было созвучно идее Москвы как Дома Богородицы. Главными символами этой сложнейшей композиции стали кремлевская Соборная площадь с Успенским собором и Красная площадь с храмом Покрова на Рву, который был архитектурной иконой Града Божия – Небесного Иерусалима. Замоскворечье по своему вторило Кремлю и представляло другую часть градостроительной модели Москвы. Государев Сад был устроен во образ Гефсиманского Сада на Святой Земле. А сравнительно скромная церковь Святой Софии стала и важнейшим Богородичным символом, и образом главной христианской святыни Гефсиманского сада – Погребального вертепа Божией Матери. Место погребения Богородицы символически связано с праздником Ее Успения, который осмысляется прославлением Богоматери как Царицы Небесной, и Софийская церковь воплощает именно эту идею, именно этот образ Богоматери, перекликаясь с кремлевским Успенским собором.
Сооружение колокольни приходится на период, последовавший за поражением в Крымской войне, которое привело к резкому ослаблению позиций России. В этих условиях сооружение Софийского ансамбля представляется как материальное выражение моления о будущих победах и уверенности в обретении былого могущества. Дополнительное звучание этой теме придавало географическое расположение Софийского храма. Если храм Христа Спасителя, находившийся к западу от Кремля, являлся памятником в борьбе с западным нашествием, то положение Софийского храма к югу от Кремля географически совпадало с направлением на Черное море.
К сожалению, грандиозные планы не соответствовали небольшим размерам участка, сильно вытянутого в длину между Москвой-рекой и обводным каналом. Комиссия установила, что здание не впишется в узкий участок, возможности же расширения участка были исчерпаны. В результате от строительства нового храма было решено отказаться. В результате размеры колокольни пришли в противоречие с размерами самого храма.
14 апреля 1908 г. храм пережил тяжелое наводнение, во время которого церковному имуществу и зданию был нанесен огромный ущерб, оцениваемый в сумму более 10000 рублей. В этот день вода в Москве-реке поднялась почти на 10 метров.
В храме Софии вода затопила внутреннее помещение на высоту около 1 метра. Были испорчены иконостасы в главном храме и приделах, в ризнице были опрокинуты шкафы и подмочены облачения. На главном престоле был снесен на пол серебряный ковчег со святыми дарами.
На следующий год после наводнения в храме был проведен обширный комплекс ремонтно-восстановительных работ.
О судьбе храма впервые послереволюционные годы известно мало. В 1918 г. новой властью был конфискован общий капитал храма, который составил 27000 рублей.
В 1922 г. была объявлена кампания по изъятию церковных ценностей в пользу голодающих.
По поводу возникших при изъятии эксцессов Святейший Патриарх Тихон писал: «И посему горестью исполни-лось сердце наше, когда до слуха нашегодостигли вести о побоищах и кровопролитии, бывших в иных местах при отобрании церковных вещей. Верующие имеют законное право заявлять о требованиях от властей, чтобы при этом не было никакого оскорбления, тем более поругания религиозного их чувства, чтобы сосуды, как священные предметы при Святом Причащении, не могущие по канонам иметь употребления не священного, подлежали выкупу и замене их равноценными материалами, чтобы к наблюдению за правильностью расходования церковных ценностей именно на помощь голодающим привлекались представители от самих верующих. И тогда, при соблюдении всего этого не будет места какому-нибудь от верующих гневу, вражде и злобе».
Изъятое имущество в основном было описано на вес. Одних серебряных риз взято двадцать штук. Особую ценность представляла золотая риза, украшенная двумя бриллиантами.
Наиболее известной иконой, находящейся в храме и описанной в нескольких дореволюционных научных работах, была икона Владимирской Божьей Матери, написанная в 1697 г. священником Иоанном Михайловым.

Отдельно стоящая трехъярусная шатровая колокольня была построена в 1860-х годах по проекту архитектора Н.И. Козловского. Нижний этаж монументального первого яруса в центре имеет сквозной проезд на церковный двор, на втором – храм в честь иконы Божией Матери "взыскание погибших". Второй ярус – четверик. На третьем ярусе – восьмерике – размещаются колокола. он увенчан шатром с главкой и крестом. Колокольня, построенная в русско-византийском стиле, соперничала по высоте с завершенным в 1859 году храмом Христа спасителя.

Никак не перекликаясь со зданием самой церкви Софии Премудрости Божией, она гармонирует с вертикалями кремлевских башен и колокольней Ивана великого, расположенными на другом берегу Москвы-реки. И это не случайно – колокольня должна была стать частью "софийского ансамбля", в который входило бы и соответствующее по масштабам и архитектурному облику новое здание храма. Идея возвести в центре Москвы, напротив кремля, соразмерный храму Христа Спасителя и кремлевским соборам храмовый комплекс, соименный главной святыне византийской империи – Святой Софии Константинопольской, отсылала к известной концепции "Москва – Третий Рим" и подчеркивала значение Первопрестольной как мирового оплота православия. Грандиозным планам не суждено было сбыться: архитектурная комиссия установила, что здание храма не впишется в узкий участок земли, вытянутый между рекой и обводным каналом.

Строительство колокольни продолжалось с 1862 по 1868 годы, и приходилось на период, последовавший за поражением в крымской войне и резким ослаблением позиций России. Вряд ли можно считать простым совпадением посвящение надвратного храма именно иконе Божией Матери "Взыскание погибших". в 1908 году, когда во время наводнения вода в Москве-реке поднялась почти на 10 метров, колокольня сильно пострадала.

Храм был закрыт в 1930 году. с 1960 года здание колокольни находится под государственной охраной, с 1973 года – это объект культурного наследия республиканского (в настоящее время – федерального) значения. Тем не менее почти 20 лет (с 1973 по 1992 годы) в ней размещался трест подводно-технических и строительных работ "союзподводгазстрой". В 1992 году храм, а в 1994 году и колокольня были переданы русской православной церкви. Престол надвратной церкви иконы Божией Матери "Взыскание погибших" освятили в 1995 году.

Колокольня реставрировалась в 1960-м, затем реставрационные работы проводились в конце 70-х – начале 80-х годов. В 1998 году, по инициативе церковной общины, заслуженный художник российской Федерации, художник-реставратор первой категории Д.В. Витошнов провел первичные научно исследовательские работы по настенной живописи в интерьерах колокольни. Делая пробную расчистку фрагментов росписей в надвратной церкви, реставраторы сняли пять слоев краски. Тогда же, в конце 1990-х, начались работы по восстановлению колоколов звонницы. Но средств прихода на проведение комплексных реставрационных работ не хватало.

В 2010 году Правительство Москвы приняло решение о проведении полномасштабной реставрации колокольни. К этому моменту сохранность объекта была удовлетворительной, но реконструкции и реставрации требовали фундамент, цоколь, перекрытия, кровля, столярные заполнения, а также инженерные системы здания. Помимо укреплений фундаментов и несущих конструкций, реставрации фасадов, монтажа инженерных систем, установки нового позолоченного креста, точно соответствующего сохранившимся историческим чертежам, и колоколов проводились работы и во внутренних помещениях. Была отреставрирована чугунная лестница. во внутренних помещениях воссозданы полы, отреставрированы поверхности сводов. В рамках этапа по восстановлению внутреннего убранства колокольни проведены консервация и реставрация лепного позолоченного декора сводов и стен.

В 2013 году колокольня стала лауреатом конкурса правительства Москвы на лучший проект в области сохранения и популяризации объектов культурного наследия "Московская реставрация 2013" в номинации: "За высокое качество ремонтно-реставрационных работ".